A estrutura básica da Polícia Penal, organizada pela Lei Complementar 16.449/2025, ficou dividida entre o órgão da administração superior, que compreende: a Superintendência e a Corregedoria-Geral da Polícia Penal; órgãos de gestão, referente à Coordenação dos Departamentos e o Gabinete do Superintendente; e os órgãos de ensino, que terá a Academia da Polícia Penal substituindo a antiga nomenclatura de Escola do Serviço Penitenciário.

Há, ainda, os órgãos da administração, que são os departamentos Administrativo, de Segurança e Execução Penal, Técnico e de Tratamento Penal, de Planejamento, de Inteligência e de Monitoração Eletrônica. Por fim, as Delegacias Penitenciárias Regionais farão parte dos órgãos de execução. Já os grupos táticos, de Ações Especiais e de Intervenção Rápida, assim como o Serviço de Atendimento ao Servidor, farão parte dos órgãos auxiliares.